Jednak nowsze badania, które obejmowały zarówno mtDNA, jak i nDNA, wskazują, że rozdzieliły się one około 4,5 mln lat temu, co jest bliskie wiekowi najstarszych istniejących wysp Galapagos (Española i San Cristóbal).
Legwan morski i legwan lądowy z Galapagos nadal utrzymują zdolność do krzyżowania się z sobą, mimo że dzieliły je miliony lat i należą do różnych rodzajów. Znane są przypadki hybrydyzacji w miejscach, gdzie ich zasięgi się pokrywają, co prowadzi do powstania tzw. legwana hybrydowego. Jest to bardzo rzadkie i zostało udokumentowane tylko kilka razy na South Plaza, maleńkiej wyspie, gdzie zwykle oddzielone terytoria lęgowe i okresy lęgowe obu gatunków pokrywają się. Hybrydy mają cechy pośrednie, pozostają na lądzie i są bezpłodne.
Istnieje jeden potwierdzony przypadek legwana morskiego poza Wyspami Galapagos; w 2014 roku osobnik pojawił się na Isla de la Plata w pobliżu ekwadorskiego stałego lądu.
Podgatunki Tradycyjnie uznaje się siedem lub osiem podgatunków legwana morskiego, wymienionych alfabetycznie: