Do prac powrócono na początku XXI w., przyczyniło się do tego zainteresowanie odbiorców zagranicznych, m.in. Zjednoczone Emiraty Arabskie w 2000 roku zamówiły 50 pojazdów Pancyr-S1 (24 na podwoziu kołowym oraz 26 na podwoziu gąsienicowym). Nowa wersja systemu została wyposażona w radar 2RŁ80 z anteną fazową, dodano nową stację śledzenia celów i pocisku rakietowego 1RS1 oraz zmodernizowano uzbrojenie poprzez wykorzystanie nowych armat 2A38M i rakiet 57E6. Konstruktorem nowego Pancyra został Walerij Sługin. Na wystawie MAKS-2001 zaprezentowano makietę pojazdu.
Pierwsze próby Pancyra-S1 rozpoczęto w 2002 roku i wykazały one niedostatki w konstrukcji radaru śledzenia. Konieczne stało się opracowanie nowego radaru, który otrzymał oznaczenie 1RS2. Równie duże zmiany dotyczyły podwozia, na którym miał być zamontowany system. Rozważano wykorzystanie podwozia MZKT-7930, niemieckiego MAN SX45 oraz gąsienicowego GM-352M1E (zmodernizowane podwozie od Tunguski). Zmiany objęły również modernizację pocisku rakietowego 57E6, który otrzymał mocniejszy silnik startowy, co przełożyło się na zwiększenie jego zasięgu. W 2005 roku przedstawiono prototyp nowej wersji systemu. W 2006 roku na poligonie Kapustin Jar rozpoczęły się testy pierwszej wersji systemu zamontowanej na podwoziu samochodu ciężarowego KamAZ. Testy kontynuowano w 2007 roku, m.in.