Na forum Armia-2019 przedstawiono zmodernizowaną wersję systemu, noszącą oznaczenie Pancyr-SM (wersja eksportowa to Pancyr-S1M). W pojeździe zastosowano nowy radar zdolny do wykrycia celu powietrznego w odległości 75 km. Nowa stacja śledząco-naprowadzająca zapewnia zwalczanie celów na dystansie do 40 km i wysokości do 18 km. Zmodernizowano również blok wyposażenia optyczno-elektronicznego, służący do obserwacji i naprowadzania. W 2020 roku system został zaprezentowany na paradzie z okazji Dnia Zwycięstwa, również na forum Armia-2020 zapowiedziano jego sprzedaż odbiorcom zagranicznym. Ponadto zaproponowano dotychczasowym użytkownikom modernizację zestawów Pancyr-S1 do standardu Pancyr-S1M. W 2021 roku, na forum Armia-2021, zaprezentowano pojazd Pancyr-S1M, w którym powrócono do stacji radarowej 1RS1-1E.
Doświadczenia z dotychczasowej eksploatacji i udziału w działaniach zbrojnych wykazały konieczność modyfikacji systemu Pancyr-S1. Zainteresowanie modernizacją posiadanych pojazdów zgłosiły Zjednoczone Emiraty Arabskie. Ponadto działania w Syrii, Libii, Górskim Karabachu i Ukrainie wykazały niedostateczne zdolności wykrywania i niszczenia niewielkich dronów oraz amunicji krążącej o skutecznej powierzchni odbicia mniejszej niż 0,01 m².