Pod koniec wieku, w 1895 roku, powstało w końcu postulowane już w 1816 r., a więc przed powstaniem pierwszych linii kolejowych w Prusach, Połączenie kolejowe zagłębia wałbrzyskiego z Malczycami, pokrywające się z przebiegiem dawnej drogi węglowej. Niebawem zaś, w latach 1896–1898 wybudowano nowoczesny przeładunkowy port śródlądowy, jeden z największych na Śląsku. Wybudowano dwa baseny portowe – jeden z poszerzenia ujścia Średzkiej Wody oraz drugi, całkowicie nowy, wykopany w pobliżu. Port należał do państwa i podlegał Urzędowi Budownictwa Wodnego w Ścinawie z siedzibą w Malczycach. Kierownik urzędu pełnił jednocześnie funkcję kapitana portu. Początkowo, port posiadał moc przeładunkową wynoszącą blisko 13 000 ton rocznie. Załoga liczyła 50 osób.
Lata 1901 – 1945 thumb|Zachowana wywrotnica wagonowa w Porcie Malczyce Po uruchomieniu nowego portu, w Malczycach działały trzy firmy spedycyjne. Śląska Kompania Parowcowa oraz Zrzeszenie Parowcowe Niemieckich Statków Śródlądowych posiadały w porcie swoje urządzenia nabrzeżne oraz spichlerze. Największą pozostawała jednak firma Toepffer i synowie, która z biegiem czasu rozwinęła się i stała jednym z największych przedsiębiorstw w branży. Toepfferowie posiadali w porcie własne dźwigi, spichlerze i silosy. W 1905 r.