Również inne prace Koliga usunięte zostały ze zbiorów muzeów i galerii, a Adolf Hitler miał osobiście wypowiadać się przeciwko późnoekspresjonitycznej twórczości artysty.
Nie angażując się w kwestie polityczne Kolig pozostawał aż do jesieni 1943 w Stuttgarcie, gdzie jednak z czasem czuł się coraz mniej bezpiecznie i w końcu wrócił do Nötsch. 17 grudnia 1944 został podczas bombardowania wraz z rodziną przysypany gruzami i ciężko ranny. Zniszczeniu uległa też wtedy po raz kolejny znaczna część jego prac.
W 1947 r. Anton Kolig został laureatem nagrody miasta Wiednia w dziedzinie malarstwa i grafiki, w 1959 nazwano jego imieniem ulicę w Wiedniu (Anton-Kolig-Gasse).
Dzieła Anton Kolig uważany jest za jednego z najważniejszych przedstawicieli austriackiego późnego ekspresjonizmu (Farbexpressionismus). Wykonał ok. 3000 rysunków, 62 barwnych prac na papierze i 390 obrazów olejnych, z których jednak wiele zostało zniszczonych lub zaginęło. Z powodu swych homoerotycznych skłonności podejmował często temat męskiego aktu, ponadto malował portrety i martwe natury. Wiele z prac Koliga daje też wyraz jego religijności.