We wsi w momencie napaści przebywało ok. 700 osób – oprócz stałych mieszkańców także wielu uciekinierów z sąsiednich miejscowości oraz 10 Żydów ukrywanych przez mieszkańców wsi.
Przebieg zbrodni Atak na wieś nastąpił w nocy z 26 na 27 marca. Lipniki zostały otoczone i ostrzelane kulami zapalającymi z karabinu maszynowego usytuowanego w wiatraku. W pierwszych szeregach atakujących szli upowcy z bronią palną, a za nimi podążały grupy chłopów, wzniecając ogień. We wsi wybuchła panika, ludzie uciekali w różne strony. Do uciekających strzelano, ponadto wiele osób zginęło w pożarach, złapane dzieci były wrzucane do płonących domów. Inni udusili się dymem, kryjąc się w kopcach na ziemniaki lub zostali zabici widłami i siekierami.
Grupie samoobrony, mimo wielokrotnej przewagi sił napastników, udało się przebić i wyprowadzić około 500 osób z kolonii. Uciekinierzy udali się do majątku Zurne i Bereźnego. Grupa około stu osób, które nie zdążyły uciec i ukryły się w rowie melioracyjnym, została otoczona i w większości wymordowana przy użyciu broni białej.