Nauka początkowo odbywała się w kamienicy na rynku, zaś od lat 40. XVII w. w zespole budynków kolegium. W szkole uczyło się ok. 200 uczniów, zorganizowano teatr szkolny, bursę muzyczną, kongregację mariańską. Była to wyróżniająca się w mieście placówka oświatowa i kulturalna, w której uczyli się synowie mieszczan i szlachty nie tylko z Bydgoszczy, ale również z dalszych okolic (Kujawy, Krajna, Gdańsk, Braniewo i in.).
Na prośbę biskupa Mikołaja Wojciecha Gniewosza w bydgoskim kolegium ok. 1650 r. zorganizowano również kurs teologii moralnej dla kleryków diecezji kujawsko-pomorskiej, a w latach 1759–1773 istniał w Bydgoszczy Dom Trzeciej Probacji (roczny kurs przeznaczony dla księży jezuitów przed złożeniem ostatnich ślubów zakonnych).
Działalność kulturalna Jezuici stworzyli w mieście profesjonalny teatr (od 1623 r.), dla którego przeznaczono specjalną salę ze sceną sukcesywną, która mogła mieścić ok. 300 osób. Salę tę wykorzystywano aż do 1824 r., kiedy powstał oddzielny budynek teatru miejskiego. Przy placówce istniała również biblioteka, która dwukrotnie była rabowana przez Szwedów: w 1656 i w 1707 r.