W II połowie XVII wieku stale przebywało w mieście kilkunastu zakonników, którzy prowadzili prace misyjne, sprawowali duszpasterstwo w swoim kościele w Bydgoszczy i w swoich posiadłościach oraz nauczali w zorganizowanej w Bydgoszczy szkole. Jezuici odprawiali msze św., nabożeństwa, organizowali uroczystości związane ze świętami kościelnymi i państwowymi (zgony i elekcje królów, zwycięstwa armii polskiej), witali i gościli w kolegium królów Polski i ich gości, ministrów i innych dostojników państwowych, biskupów itp. W celu nadania nabożeństwom odpowiedniej oprawy zgodnie z kanonem epoki baroku, kolegium utrzymywało własną bursę muzyczną.
Bydgoscy jezuici w porozumieniu z parafianami w Chełmnie, Koronowie, Margoninie prowadzili misje w tych miastach w okolicznych wsiach. Od 1680 r. systematycznie aż po 1772 rok prowadzili misje wśród Kaszubów zamieszkujących Pomorze Gdańskie.
Jeden z jezuitów związanych z Bydgoszczą dotarł aż do Chin (1644 r.) Był to Jan Mikołaj Smogulecki – syn starosty bydgoskiego, który wyrzekł się kariery politycznej wstępując do zakonu.
Budowa kościoła i kolegium