Wybór sekretarza generalnego NATO musiał nastąpić na drodze konsensusu, za zgodą wszystkich państw członkowskich. W pierwszym dniu szczytu, 3 kwietnia 2009 na spotkaniu w Baden-Baden, przywódcy państw NATO nie zdołali osiągnąć porozumienia w tej kwestii z powodu sprzeciwu Turcji wobec kandydatury Anders Fogh Rasmussena. Ankara miała mu za złe poparcie, wyrażone dla wolności prasy i brak słów potępienia, po publikacji przez duńskie gazety karykatur Mahometa w 2005. Konsensus osiągnięto dopiero drugiego dnia, po złożeniu przez prezydenta Baracka Obamę „gwarancji” dla Turcji, co pozwoliło na jednogłośny wybór Rasmussena na stanowisko sekretarza generalnego NATO. Gwarancje te dotyczyły obietnicy przyznania Turcji wysokich stanowisko w strukturach NATO. Rasmussen objął stanowisko sekretarza generalnego 1 sierpnia 2009.
Środki bezpieczeństwa i protesty thumb|Strefa bezpieczeństwa w Strasburgu w czasie szczytu NATO W celu zapewnienia odpowiedniego poziomu bezpieczeństwa, miejsca, w których odbywał się szczyt, były patrolowane przez 15 tysięcy żołnierzy i policjantów, zarówno po stronie francuskiej jak i niemieckiej. Francja oraz Niemcy na czas szczytu zawiesiły obowiązywanie układu z Schengen i przywróciły kontrolę graniczną na swoich granicach. Na Renie został wstrzymany ruch rzeczny, a nad miastami – gospodarzami szczytu zamknięto przestrzeń powietrzną, chronioną przez myśliwce.