Po wykonaniu krótkiej serii dokonano przeprojektowania podwozia zwiększając rozstaw kół z do i wzmacniając je oraz dokonano dalszych drobnych zmian. Nowy samolot oznaczono PZL-104 Wilga 35 i oblatano 29 czerwca 1967 roku, po czym wszedł on do produkcji seryjnej.
W 2008 roku wyprodukowano ostatni, 997 egzemplarz samolotu, o numerze seryjnym 0060024, w wersji PZL-104MA Wilga 2000 dla islandzkiego nabywcy, kończąc w ten sposób półwieczną historię samolotów „Wilga”.
Na mocy porozumienia z 9 września 2024 r. Airbus Poland z Draco Aircaft ma nastąpić wznowienie produkcji zmodyfikowanej wersji samolotu opartej na PZL-104 Draco Turbine Wilga o nr rejestracyjnym N123T, czyli głęboko zmodyfikowanym samolocie PZL-104MA Wilga 2000 (ostatnim seryjnym egzemplarzu o nr 0060024), stworzonym i zbudowanym przez Mike’a Pateya. Patey zintegrował silnik turbośmigłowy Pratt & Whitney PT6A-28 o mocy z czterema 259-centymetrowami łopatami, zmodyfikował skrzydła, lotki, klapy, ster kierunku, ster wysokości i podwozie. Jego unikalną cechą było to, że samolot potrzebował jedynie drogi startowej (tzw. krótki dynamiczny start), do szybkiego wznoszenia () i lądowania na zaledwie oraz przy prędkości minimalnej do przeciągnięcia .