Samoloty tego typu używane są przez polskie lotnictwo wojskowe. Wilga 35R – wersja rolnicza oblatana w 1978 roku zabierająca 300 litrów chemikaliów. Wilga 35S – wersja sanitarna oblatana w 1968 roku. Powstał jeden samolot dla polskiego lotnictwa sanitarnego. Wilga 40 – zmodyfikowana wersja Wilgi 35 oblatana w 1969 roku (posiadała ruchome sloty i usterzenie płytowe). Powstały jedynie 2 prototypy. Wilga 80 – dostosowana do przepisów amerykańskich (FAR) wersja seryjna z 1979 roku wyposażona w silnik PZL AI-14RA. Wilga 80/1400 (80H) – przeznaczona dla Kanady wersja pływakowa z 1982 roku napędzana silnikiem PZL AI-14RD o mocy 206 kW (280 KM).
Wilga 88 – wersja rozwojowa opracowywana od 1983 roku do końca lat 80. Zasadniczym zadaniem konstruktorów stało się poprawienie charakterystyk prędkościowych samolotu. Planowano to osiągnąć poprzez skuteczne ograniczenie oporów aerodynamicznych. Zastosowano nowy, lekki płat bez slotu, z lekkim, pojedynczym zastrzałem i gruntownie zmienionym podwoziem. Od poprzednich modeli Wilgi różniła się między innymi zwiększoną do 5 liczbą pasażerów. Z tego też względu zmieniony był kadłub samolotu. Ogólnie była to konstrukcja tak dalece odbiegająca od samolotu Wilga, że nazwano nową konstrukcję PZL-105 Flaming.