Placówka jest prowadzona wspólnie przez samorząd miasta Bydgoszczy (50%) oraz samorząd województwa kujawsko-pomorskiego (50%).
Historia Biblioteka miejska rozpoczęła swoją działalność w 1903 r. najpierw w nieistniejącym dziś budynku u zbiegu ul. Bernardyńskiej i Jagiellońskiej, a następnie w latach 1904–1906 w nieistniejącym budynku przy ul. Gdańskiej 27Umiński Janusz: Bydgoszcz. Przewodnik: Bydgoszcz: Regionalny Oddział PTTK „Szlak Brdy”, 1996.
Zrębem zasobów bibliotecznych były ofiarowane niemieckie zbiory prywatne: historyka Fryderyka Raumera, redaktora Henryka Kruse oraz zbiory niemieckich towarzystw naukowych zrzeszonych w Niemieckim Towarzystwie Sztuki i Wiedzy, w tym głównie Towarzystwie Historycznym Obwodu Nadnoteckiego. Organizatorem placówki był jej pierwszy dyrektor Georg Minde-Pouet, który wykazał umiejętność zdobywania niezbędnych środków finansowych na utrzymanie biblioteki oraz rozbudował gmach o skrzydło przy ul. Jana Kazimierza. Kolejny dyrektor Martin Bollert scalił zbiory Biblioteki Miejskiej i Biblioteki Ludowej.