W przypadku idealnym badanie ultradźwiękowe wskaże położenie pęcherzyka płodowego w obrębie jajnika obok pustej jamy macicy. Jeśli występuje krwotok wewnętrzny, również może zostać uwidoczniony. Z powodu bliskości jajowodu rozróżnienie ultrasonograficzne ciąży jajnikowej i jajowodowej może sprawiać trudności. Seryjne oznaczenia hCG generalnie różnią się od normalnego wzrostu . W próbie 12 pacjentek średni wiek ciążowy wyniósł 45 dni.
Histologicznie diagnozę stawia się z użyciem kryteriów Spiegelberga dzięki usuniętym chirurgicznie jajnikowi i jajowodowi. Jednakże jajowód i jajnik nie są zazwyczaj usuwane, gdyż ultrasonografia pozwala na wcześniejsze rozpoznanie i operator stara się zachować gonadę. Przed wprowadzeniem kryteriów Spiegelberga w 1878 istnienie ciąży jajnikowej nasuwało wątpliwości. Wspomniane kryteria pomogły w identyfikacji ciąży jajnikowej od innych ciąż ektopowych: pęcherz płodowy ulokowany na obszarze jajnika, pęcherz płodowy przymocowany do macicy więzadłem jajnikowym, w ścianie pęcherza płodowego wykazana histologicznie tkanka jajnika, jajowód po zajętej stronie nienaruszony (kryterium to staje się nieprawidłowe w przypadku dłużej trwającej ciąży jajnikowej)).