Początkowo prowadził praktykę lekarską w rodzinnym Wrocławiu, gdzie też ożenił się z Marią Fels. Po dwóch latach został osobistym lekarzem saskiego księcia Wilhelma w Dreźnie, a po dalszych dwóch – profesorem anatomii, chirurgii i botaniki uniwersytetu w Wittenberdze. Wkrótce też został powołany na rektora tej uczelni. Na zaproszenie słynnego astronoma, Tychona Brahego, odwiedził w czerwcu 1600 r. Pragę. Wykonał tam pierwszą w tej części Europy publiczną sekcję zwłok ludzkich, opisaną później w osobnym dziele. Pozostał w mieście i w 1602 r. został obywatelem Pragi. Tu zetknął się z dworem cesarza Rudolfa II. Jako żonaty nie mógł zostać zatrudniony na praskim uniwersytecie, prowadził więc praktykę lekarską. Specjalizował się w chirurgii i anatomii.
W 1608 r. był obecny w Wiedniu przy koronacji króla Macieja Habsburga, a wkrótce został jego nadwornym lekarzem i historiografem. Po śmierci żony w 1612 r. przez cztery lata podróżował po Europie, by w 1616 r. ponownie wrócić do Pragi. W następnym roku został wybrany rektorem praskiego Uniwersytetu Karola. Nawiązał przyjaźń z innymi uczonymi, pochodzącymi z terenu dzisiejszej Słowacji (m.in. Vavrinec Benedikti z Nedožier i Basilius z Nemeckej Ľupče).