We wrześniu 1945 objął katedrę Historii Sztuki i Architektury Średniowiecznej na warszawskim Wydziale Architektury. W 1947 roku ofiarował pałacowi Na Wyspie kilkanaście sztuk mebli zakupionych w 1807 roku przez jego pradziada Józefa Niemojewskiego od siostry Stanisława Augusta Poniatowskiego. Pełnił funkcję dziekana Wydziału Architektury. W roku 1952 został pozbawiony funkcji. Pretekstem do nagonki stała się jego książka Uczniowie Cieśli której aktywiści partyjni zarzucali niezgodność z obowiązującą wówczas ideologiąLech Józef Niemojewski.
Pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera T-4-5/6).
Materiały archiwalne Lecha Niemojewskiego znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-67Spis inwentarzy, Polska Akademia Nauk Archiwum w Warszawie, [dostęp 2024-02-23]..
Dzieła o architekturze Lech Niemojewski: Konstruktywizm w architekturze. Trzaska, Evert i Michalski, Warszawa 1933 Lech Niemojewski: Siedem Cudów Świata. wyd. 1 – 1938, wyd. 2 – Ex Libris, Warszawa 1948 Lech Niemojewski: Uczniowie Cieśli. Rozważania nad zawodem architekta.