W Moskwie był często zapraszany do ambasad krajów zachodnich. Wyrażał otwarcie swoje poglądy i publicznie krytykował popierane przez WKP(b) i Stalina pseudonaukowe teorie Trofima Łysenki, nie zdając sobie sprawy z zagrożeń, jakie wynikały w reżimie komunistycznym z jego zachowania Jolanta Barańska, Andrzej Dżugaj, Janina Kwiatkowska-Korczak, Życie i tragiczna śmierć Jakuba Karola Parnasa, wybitnego polskiego biochemika, współodkrywcy glikolizy w: Kosmos, t.57 (2008) Numer 1–2 (278–279) s.1-17 . 29 stycznia 1949 został aresztowany w Moskwie przez MGB w związku ze sprawą Żydowskiego Komitetu Antyfaszystowskiego i związanych z nią falą policyjnych represji antysemickich. Według dokumentacji KGB zmarł tego samego dnia na zawał serca w czasie przesłuchania przez MGB na ŁubianceJego syn Jan Oskar w 1992 r. otrzymał z Urzędu Generalnego Prokuratora w Moskwie dokument stwierdzający, że: „J.K. Parnas został aresztowany z oskarżenia o pracę wywiadowczą przeciw ZSRR dla obcego zachodniego państwa. Po aresztowaniu 29. I. 1949 r. przesłuchiwano go od 15.15 do 17.30. Po wyjściu śledczego Parnas poczuł się źle i pomimo pomocy lekarskiej zmarł na atak serca. 3 kwietnia jego sprawę zamknięto z braku dowodów winy”. Znając praktyki więzień sowieckich, nikt naprawdę nie wie jak zmarł Parnas.