Doprowadziło to do jego zaproszenia do Bostonu i realizacji projektu naukowego z kryminologii we współpracy z Williamem Healy. Wyniki zostały opublikowane w 1935 roku jako Roots of Crime. W 1932 roku powrócił do Chicago aby objąć funkcję pierwszego dyrektora tamtejszego Instytutu Psychoanalizy utworzonego by szkolić psychiatrów i prowadzić badania naukowe w zakresie psychoanalizy.
Badania Alexandra Pierwszym badaniem realizowanym w Chicago był projekt poświęcony czynnikom emocjonalnym, przyczyniającym się do powstawania wrzodów żołądka i innych zaburzeń ze strony układu pokarmowego. Było to badanie unikalne w swej naturze, ponieważ nie było to studium przypadku w tradycyjnie rozumianej przez psychoanalityków formie. To badanie zbierało chorych z różnych praktyk i umożliwiało jednoczasowe ich badanie, porównywanie i wyciąganie wniosków. Po drugie, w tym badaniu zakładano, że czynniki psychogenne przyczyniające się do choroby somatycznej są bardzo specyficzne, a nie ogólne jak to zakładano w dotychczasowych opisach. Wyniki projektu opublikowano w pracy The Influence of Psychologic Factors Upon Gastrointestinal Disturbances: A Symposium w Psychological Quarterly w 1934 roku, a rok później w formie książkowej.