Pod koniec 1960 Rompski stał się jednym z obiektów ataku władz na rzekomych separatystów kaszubskich. 14 grudnia 1960 przeprowadzono w jego toruńskim domu rewizję, zabierając korespondencję i rękopisy utworów oraz maszynopisy manifestów i krytyk, wezwano go też na przesłuchanie do Prokuratury Wojskowej 16 grudnia 1960. Pisarz protestował przeciwko temu w licznych listach do władz. Zaś 15 stycznia 1961 władze Zrzeszenia Kaszubskiego udzieliły mu nagany i zawiesiły w prawach członka na jeden rok za omawianie spraw kaszubskich poza forum organizacji. Te niesprawiedliwe szykany, które dotknęły również Aleksandra Labudę i Stefana Bieszka, zostały anulowane jako bezprawne decyzją nowych władz Zrzeszenia Kaszubsko-Pomorskiego podjętą 7 listopada 1971, czyli już po śmierci pisarza.
Prace etnograficzne W 1960 Jan Rompski został kierownikiem działu naukowo-oświatowego toruńskiego muzeum, w którym pracował do czerwca 1965. Aktywnie uczestniczył w pracach w terenie oraz w życiu naukowym, zbierał materiały do swej pracy doktorskiej Opowieści ludu kaszubskiego. Odbicie rzeczywistości społecznej XIX i XX w., którą pisał u prof. Józefa Burszty z Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.