Twórczość Scheidt zasłynął jako doskonały twórca i wykonawca muzyki organowej. Pisał wariacje, tokaty, fugi, motety, magnificaty oraz utwory liturgiczne. W swojej twórczości rozwijał technikę wariacyjną, szczególnie w gatunku muzycznym jakim były wariacje chorałowe. Jego dzieła cechowały się niezwykłą dbałością o szczegóły, objawiającą się wykorzystywaniem urozmaiconych schematów rytmicznych i unikaniem prostych powtórzeń rytmu. Jego kompozycje mają charakter religijny.
Kompozycje Katalog tematyczny dzieł Scheidta Samuel-Scheidt-Werke-Verzeichnis (SSWV), opracował niemiecki muzykolog Klaus-Peter Koch.Klaus-Peter Koch - Samuel-Scheidt-Werke-Verzeichnis (SSWV), Breitkopf & Härtel, Wiesbaden, Leipzig und Paris 2000, . thumb|Samuel Scheidt: Tabulatura nova III