Do jednej grupy nie mogły trafić drużyny z tego samego koszyka i federacji.
Wszystkie zespoły zagrały ze sobą dwukrotnie – po 2 najlepsze z każdej grupy awansowały do fazy pucharowej, drużyny z 3. miejsc otrzymały prawo gry w 1/16 finału Ligi Europy UEFA.
Faza grupowa składała się z 6 kolejek: 1. kolejka – 15/16 września 2009, 2. kolejka – 29/30 września 2009, 3. kolejka – 20/21 października 2009, 4. kolejka – 3/4 listopada 2009, 5. kolejka – 24/25 listopada 2009, 6. kolejka – 8/9 grudnia 2009. Zasady ustalania kolejności w tabeli: liczba zdobytych punktów w całej rundzie; liczba punktów zdobyta w meczach bezpośrednich; różnica bramek w meczach bezpośrednich; różnica bramek w meczach bezpośrednich – podwójne liczenie bramek zdobytych na wyjeździe; różnica bramek w całej rundzie; liczba zdobytych bramek w całej rundzie; współczynnik drużyny z poprzednich 5 sezonów.
Awans do 1/8 finału
Przejście do 1/16 finału Ligi Europy UEFA
Grupa A
Grupa B
Grupa C
Grupa D
Grupa E
Grupa F
Grupa G
Grupa H
Faza pucharowa
Do startu w fazie pucharowej uprawnionych jest 16 drużyn – 8 zwycięzców fazy grupowej i 8 drużyn, które zajęły 2. miejsca w fazie grupowej.