W latach 1965–1971 była dyrektorem Teatru Polskiego we Wrocławiu, by w 1972 r. powrócić do Krakowa i objąć dyrekcję Teatru im. J. Słowackiego. Była również wykładowcą w krakowskiej Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej. W 1979 została profesorem nadzwyczajnym. W latach 1983–1990, wraz z mężem, objęła Teatr Narodowy w Warszawie, gdzie była kierownikiem artystycznym, a także reżyserowała. Od 1968 stale współpracowała również z teatrami norweskimi, m.in. w Oslo, Bergen i Stavanger.

Pochowana została w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera A30-tuje-5).

Do ważniejszych prac reżyserskich Krystyny Skuszanki należą: 1956 – Balladyna J. Słowackiego 1959 – Burza W. Szekspira 1962 – Dziady A. Mickiewicza 1973 – Lilla Weneda J. Słowackiego 1978 – Akropolis S. Wyspiańskiego

Reżyserowała również spektakle Teatru Telewizji: 1963 – Sprawiedliwość w Kioto Władysława Orłowskiego 1964 – Burza W. Szekspira 1967 – Czarowna noc S. Mrożka 1967 – Zbrodnia przy ulicy Laurcine E. Labiche 1971 – Orfeusz A. Świrszczyńskiej 1973 – Krzysztof Kolumb M. de Ghelderode 1974 – Wariatka z Chaillot J. Giraudoux 1976 – Lilla Weneda J. Słowackiego