4 lutego 2009 cztery grupy islamistów, w tym grupa Hassana Dahira Awejs, niegdyś należąca do Sojuszu na rzecz Wyzwolenia Somalii, połączyły się i sformowały organizację o nazwie Hizbul Islam. 8 lutego 2009 roku Hizbul Islam wypowiedziała wojnę rządowi Ahmeda oraz siłom pokojowym Unii Afrykańskiej (AMISOM). Ahmedowi przeciwstawiło się też Asz-Szabab, które weszło w sojusz z Hizbul Islam. 18 kwietnia 2009 parlament Somalii uchwalił wprowadzenie w całym kraju szariatu, czyli prawa muzułmańskiego. Mimo iż ugrupowanie Asz-Szabab tego się domagało, to ogłosiło jednak, że będzie kontynuować wojnę, nawet po wycofaniu się sił Unii Afrykańskiej.
W maju 2009 ruszyła wielka ofensywa rebeliantów w centralnej Somalii, kontrolowanej przez rząd. Równolegle trwały walki w stolicy, których celem było obalenie prezydenta Ahmeda. W wyniku dwumiesięcznych walk rebelianci zdobyli kontrolę nad terenami Hiraan, Shabellaha Dhexe, Mareeg oraz Galguduud. Latem 2009 do walk przystąpili sufici z prorządowej milicji As-Sunna Wal Jamaah. Milicjanci zatrzymali ofensywę radykałów, odbijając kilka okręgów z rąk rebeliantów.