RU486 Baulieu był znany na całym świecie ze swoich badań nad RU486 (mifepristonem), dzięki czemu zyskał miano „ojca” . Baulieu, który zidentyfikował receptor progesteronu, zasugerował firmie zmodyfikowanie cząsteczki progesteronu w celu stworzenia antyprogesteronu. W 1980 roku Georges Teutsch zsyntetyzował związek, który początkowo znany był pod nazwą RU486. Baulieu zbadał działania tego związku jako steroidu antyprogesteronowego, który okazał się skuteczny w indukowaniu wczesnej aborcji, a w połączeniu z mizoprostolem był jeszcze skuteczniejszy. Jako zwolennik niechirurgicznego podejścia do aborcji, Baulieu stał się orędownikiem RU486, nawet pomimo tego, że firma wycofała się z jego produkcji. Sprawiło to, że znalazł się w centrum debaty aborcyjnej. Jako lek antyprogesteronowy, RU486 ma również inne potencjalne zastosowania, takie jak leczenie niektórych chorób (rak piersi, nowotwór mózgu, endometrioza, cukrzyca, nadciśnienie), a odkryte przez niego działanie antykortyzolowe może być pomocne w leczeniu depresji lub zespołu Cushinga.