W 1977 roku zakończył pracę zawodową jako przewodnik. W 1980 roku został członkiem honorowym Koła Przewodników Tatrzańskich w Zakopanem. Należał też do klubu seniora TOPR. W 1983 roku został członkiem współzałożycielem Towarzystwa Ochrony Tatr. Dla towarzystwa osobiście przygotował statut. Stefan Chałubiński był znawcą Tatr i odkrywcą ich zasobów. Do jego odkryć należy między innymi Jaskinia Wysoka – Za Siedmiu Progami. Jest autorem wielu nowych tras taternickich. Witold Paryski notuje jego warianty z lat 1949–1950 z Młynarza, Wierchu pod Fajki i Koziego Wierchu.
Stefan Chałubiński zmarł w Zakopanem 6 listopada 2001 roku, a 10 listopada 2001 został pochowany na Nowym Cmentarzu przy ul. Nowotarskiej w Zakopanem, w grobowcu rodzinnym, w którym spoczywają jego żona Maria oraz brat Tytus (kw. M-A-1) śp. Stefan Antoni Chałubiński. Maria Chałubińska (z domu Berger) zginęła we wrześniu 1994 roku podczas samotnej wycieczki w Tatry w pobliżu Wrót Chałubińskiego.