Werner.

Był członkiem Ligi Narodowej w 1905 rokuStanisław Kozicki, Historia Ligi Narodowej (okres 1887–1907), Londyn 1964, s. 583.. W roku 1906 Skałkowski pracował w bibliotece Uniwersytetu Lwowskiego. W latach 1907–1911 przebywał w Paryżu, głównie dzięki przyznanemu mu stypendium W. Osławskiego. Był już wówczas znany jako specjalista od dziejów Polski porozbiorowej. Świadczą o tym kontakty H. Sienkiewicza ze Skałkowskim podczas pisania przez niego powieści „Legiony” oraz S. Żeromskiego w czasie pracy nad sztuką o Józefie Sułkowskim. W roku 1913 habilitował się na Uniwersytecie Lwowskim na podstawie pracy „O kokardę Legionów” (Lwów 1912). Recenzentem habilitacji byli T. Wojciechowski i B. Dębiński. W roku 1913 Skałkowski został zastępcą Askenazego na katedrze historii nowożytnej Uniwersytetu Lwowskiego. Skałkowski prowadził wykłady do 1919 roku w zastępstwie S. Askenazego przebywającego w Petersburgu na kwerendach.

W listopadzie 1918 roku brał udział w obronie Lwowa przeciwko Ukraińcom, ale w późniejszych wspomnieniach marginalizował swój udział, a także całą obronę jako awanturę powiększoną propagandowo do rangi wielkiego wydarzenia. Za obronę w mieście szkoły kadetów otrzymał odznakę pamiątkową I Odcinka „Obrony Lwowa”.