16 stycznia 1945 w Ostrowcu Świętokrzyskim, dowodząc patrolem porządkowym AK, Kosicki natknął się na bandę rabującą prywatne mieszkanie przy ul. Bałtowskiej. Wywiązała się strzelanina, w której zginął żołnierz Armii Ludowej i jednocześnie świeżo mianowany wojewoda kielecki – Jan Foremniak. Kosicki zmuszony został do ucieczki. Dotarł do Krakowa, gdzie znalazł kryjówkę w klasztorze kapucynów. Po zdradzie miejsca jego ukrycia został aresztowany przez UB i przewieziony do więzienia kieleckiego przy ul. Zamkowej. Był przesłuchiwany m.in. przez Edmunda Kwaska i Władysława Sobczyńskiego. Został skazany na karę śmierci. Na egzekucję oczekiwał w celi śmierci wiele tygodni, nie znając jej terminu.
W nocy z 4 na 5 sierpnia 1945 oddział partyzancki Antoniego Hedy rozbił kieleckie więzienie i uwolnił kilkuset więźniów, w tym także Stanisława Kosickiego. Udało mu się wyjechać na Wybrzeże, gdzie ukrywał się pod nazwiskiem Jan Szymański. Po ogłoszeniu amnestii w kwietniu 1947 ujawnił się. Przeprowadził się do rodziców do Torunia. Ukończył tam studia, założył rodzinę i rozpoczął karierę naukową. Rozpoczął pracę w Stacji Hydrobiologicznej w Mikołajkach. Dopiero w 1954 został zdemaskowany i ponownie aresztowany, ale ponieważ posiadał dokument amnestyjny, został zwolniony z aresztu po 12 godzinach.