Już w jesieni 1939 patriarchat Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej rozpoczął przygotowania do wchłonięcia Ukraińskiej Cerkwi Greckokatolickiej we wschodniej części Galicji. 17 października 1939 biskupowi Pantelejmonowi nadano tytuł egzarchy patriarszego dla ziem Zachodniej Białorusi i Zachodniej Ukrainy. Zaraz po nominacji ogłosił on posłanie, w którym apelował o uznanie patriarchatu moskiewskiego jako władzy kanonicznej.
W październiku 1940 w Krzemieńcu, w pobliżu Ławry Poczajowskiej, powołano prawosławne biskupstwo. Mianowano również prawosławnego biskupa Lwowa, jednak nie zdążył on objąć obowiązków z powodu wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej.
Okupacja niemiecka Okupacja niemiecka objęła obszar zachodniej części eparchii przemyskiej (136 parafii z 217 tysiącami wiernych), oraz całej Apostolskiej Administracja Łemkowszczyzny (111 parafii z 137 tysiącami wiernych). Cerkiew greckokatolicka na tym obszarze nie była praktycznie prześladowana.
Na ziemie okupowane przez III Rzeszę napłynęło kilkadziesiąt tysięcy uchodźców z ziem okupowanych przez ZSRR.