Jako wiceprezydent szczególnie zaangażował się w działalność na rzecz niepełnosprawnych. Stworzony został krajowy rejestr wszystkich niepełnosprawnych obywateli. W wyniku inicjowanych przez niego programów i działań rządu, Ekwador poczynił znaczny krok w kierunku społecznej integracji osób niepełnosprawnych, zapewniając im pomoc finansową, materialną i prawną. Rząd zwiększył wydatki na ten cel z 2 mln USD do 150 mln USD rocznie, wprowadził specjalistyczne badania noworodków oraz wprowadził przepisy rezerwujące 4% etatów w większych firmach dla osób niepełnosprawnych. Ponad 430 tys. osób otrzymało specjalistyczną pomoc materialną, a prawie 200 tys. osób przeszło fachowe leczenie. Za swe działania Moreno w 2012 został nominowany do Pokojowej Nagrody Nobla przez członków ekwadorskiego Zgromadzenia Narodowego.
W kolejnych wyborach prezydenckich w lutym 2013 postanowił nie ubiegać się o reelekcję na stanowisku wiceprezydenta. Urząd pełnił do 24 maja 2013, kiedy zastąpił go były minister Jorge Glas. 19 grudnia 2013 sekretarz generalny ONZ Ban Ki-moon powołał go na urząd Specjalnego Wysłannika ONZ ds.