Mikołaja na Ugrieszy w eparchii moskiewskiej, zaś w dwa lata później mianowany biskupem Tobolska, dokąd – na skutek protestów ministerstwa wyznań religijnych – dotarł dopiero w grudniu 1917.
Po rewolucji lutowej i obaleniu caratu Mikołaj II listownie prosił biskupa o przebaczenie, twierdząc, że nie mógł postąpić inaczej. Hermogen przyjął przeprosiny; w czasie pobytu byłej rodziny carskiej w Tobolsku był osobistym duszpasterzem zdetronizowanego cara, jego żony i dzieci. Chciał również pomóc Romanowom w ucieczce, do czego jednak nie doszło z powodu nieufności, jaką żywiła była caryca wobec człowieka niechętnego niegdyś Rasputinowi. W czasie pobytu w monasterach cieszył się wielkim szacunkiem miejscowych wiernych, był uważany za proroka (przewidywał katastrofę monarchii w Rosji) i jasnowidza. Również w Tobolsku Hermogen głosił zdecydowanie antyrewolucyjne poglądy, wzywając wiernych do czynnego sprzeciwiania się bolszewikom. Twierdził, że ateizm i komunizm są obce narodowemu charakterowi Rosjan. Szczególnie aktywny był po ogłoszeniu rozdziału państwa i Kościoła w 1918, kiedy porównywał rząd rosyjski do zabójców Chrystusa.