Zrozumiawszy, że Japonia w ówczesnym stanie nie mogła rywalizować z zachodnimi potęgami, Ōkubo wrócił do kraju 13 września 1873 r. i natychmiast przyjął twarde stanowisko, sprzeciwiając się inwazji na Koreę w reakcji na koreańską odmowę uznania cesarza Meiji. Wziął też udział w konferencji w Ōsace w nadziei przywrócenia zgody między członkami oligarchii Meiji.
Nie mógł jednak dojść do porozumienia z dawnym towarzyszem, Takamorim Saigō, co do drogi, którą powinna podążać Japonia. Saigō nabrał przekonania, że polityka modernizacji nowego rządu jest błędna i w 1877 r. stanął na czele rebelii wznieconej przez grupę samurajów z Satsumy (seinan-sensō, dosł. wojna na południowym zachodzie). Doszło do starcia z wojskami rządowymi. Jako minister spraw wewnętrznych, Ōkubo objął kontrolę nad armią i walczył przeciwko dawnemu przyjacielowi. Po stłumieniu rebelii wielu samurajów z Satsumy uznało Ōkubo za zdrajcę. 14 maja 1878 r. w drodze do Tokio Ōkubo został zamordowany przez Ichirō Shimadę i sześciu samurajów z Kanazawy.
Dziedzictwo Praprawnukiem Toshimichiego Ōkubo jest Tarō Asō, były premier Japonii (w latach 2008–2009).
Uwagi