Część z nich trafiała do łagrów, zwłaszcza przedwojenni działacze polityczni, urzędnicy i duchowni; część deportowanych zmarła po drodze. Przejęto też obozy dla internowanych polskich wojskowych i policjantów, którzy podzielili następnie los innych polskich jeńców w ZSRR (aczkolwiek unikając masowego mordu wiosną 1940). Ostatnia duża akcja wywózek ludności, rozpoczęta 14 czerwca 1941 roku, została przerwana przez atak niemiecki na ZSRR.
Aneksja państw bałtyckich nie została uznana za legalną przez większość państw zachodnich ani polski rząd emigracyjny. Mimo radzieckich nacisków dyplomatycznych, alianci zachodni do końca wojny nie uznawali aneksji jako stanu prawnego ani faktycznego oraz uznawali placówki dyplomatyczne i paszporty byłych republik. Stan faktyczny został zaakceptowany dopiero po zwycięstwie nad Niemcami i ponownym zagarnięciu przez ZSRR ziem republik oraz ułożeniu stosunków powojennych między mocarstwami. W dalszym ciągu jednak rządy i instytucje bankowe nie wydawały ZSRR nieruchomości ani aktywów państw bałtyckich.