Od czerwca 1954 do 6 czerwca 1957 kierował Oficerską Szkołą Artylerii Przeciwlotniczej jako jej komendant. Po rocznym Wyższym Kursie Akademickim w Wojskowej Dowódczej Akademii Artyleryjskiej w Leningradzie ponownie był komendantem Oficerskiej Szkoły Artylerii Przeciwlotniczej w Koszalinie. 1 września 1963 odszedł na studia do Akademii Sztabu Generalnego Sił Zbrojnych ZSRR, po ukończeniu których od 11 lipca 1965 kierował Szefostwem Obrony Przeciwlotniczej Warszawskiego Okręgu Wojskowego. Z początkiem 1968 przeszedł do służby w Wojskach Obrony Powietrznej Kraju. Od 25 stycznia 1968 pełnił obowiązki dowódcy a z dniem 7 czerwca 1968 został zatwierdzony na stanowisku dowódcy 1 Korpusu Obrony Powietrznej Kraju.
Prywatnie – ojciec dwóch córek (Zofia Iwona, ur. 1950 i Ewa Wanda, ur. 1956), żona Maria z domu Romaszkiewicz. Był zapalonym myśliwym. thumb|240px|Grób Edmunda Soji na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie Zmarł nagle 6 czerwca 1977 w czasie wykonywania obowiązków służbowych na poligonie w okolicach Astrachania.