AFC Wimbledon odnotował kolejny rekord zaliczając serię 78 ligowych spotkań bez porażki.
W pierwszym sezonie występów w Isthmian League Premier Division The Dons zajęli 4. miejsce i osiągnęli play-offs. Zespół przegrał jednak w dwumeczu z Fisher Athletic; wystąpił także w finale Surrey Senior Cup gdzie tym razem uległ lokalnej drużynie Kingstonian.
W sezonie 2006/2007 AFC Wimbledon zakończył rozgrywki na 5. lokacie i ponownie awansował do play-offs. W kilku meczach wystawił w składzie nie zgłoszonego do rozgrywek Jermaine`a Darlingtona, za co Związek Piłkarski podjął decyzję o odjęciu 18 punktów. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy ostatecznie odjęto 3 punkty i ukarano klub kwotą w wysokości 400 funtów.
W maju 2007 roku nowym menadżerem zespołu został Terry Brown. Rok później drużyna wywalczyła awans do Conference South, pokonując w finale play-off Staines Town 2:1. W sezonie 2008/2009 AFC Wimbledon zajął 1. miejsce i awansował do Football Conference - zaplecza zawodowej Football League.
Rok później AFC Wimbledon zajął 8., a w 2011 roku 2. pozycję i osiągnął finał play-offs. 21 maja, w meczu rozegranym na City of Manchester Stadium, The Dons pokonali po rzutach karnych Luton Town i awansowali do League Two. W sezonie 2011/2012 w N-Power League Two zajęli 16.