Mimo że port ma bezpośredni dostęp do Zalewu Wiślanego, duże statki morskie wykorzystują połączenie z Morzem Bałtyckim poprzez głębokowodny Kanał Bałtijsk-Kaliningrad o długości 24 Mm. Jest on torem wodnym, łączącym port Kaliningrad z Bałtijskiem, a następnie z Bałtykiem.
Port w Królewcu nie zamarza w czasie surowych zim, dlatego jest dostępny dla żeglugi przez cały rok. Jednak kiedy przez długi czas utrzymują się niskie temperatury, w kanale łączącym port z Morzem Bałtyckim pojawia się lód. W przypadku pojawienia się lodu na drodze statków, zarządca portu zobowiązany jest do wynajęcia lodołamaczy dla oczyszczenia kanału. Jednostki lodołamaczy są proporcjonalne dla odpowiednich statków. Ostatnie użycie lodołamaczy miało miejsce w 1997 roku.
Działalność Port w Królewcu posiada kilka niezależnych od siebie jednostek organizacyjnych. Największe z nich to: port handlowy, port rybacki i port rzeczny. Pozostałe ważniejsze to: bałtycka kompania przeładunkowa ropy, portowa baza przeładunków ropy i elewator.
Królewiecki Morski Handlowy Port (ros. Калининградский морской торговый порт) obejmuje swoją działalność wokół wschodniej części portu – wschodni pirs (półwysep) i sąsiednie wschodnie nabrzeże.