obecnie uznaje się, że dwa lata oblegania miasta Colonnów, Palestriny, były najdłuższym oblężeniem średniowiecza.

Wojna zakończyła się w 1298 klęską rodu, rozproszeniem rodziny i zniszczeniem większości ich dobytku. Członkowie rodu, zwłaszcza kardynałowie, stali się obiektem prześladowania papieża.

Spór między Filipem IV Pięknym a Bonifacym VIII trwał wiele lat, ale dopiero w 1303, z woli Bonifacego VIII, jako najwyższego sędziego królów świeckich, ostatecznie doprowadził do poważnych zajść. Głównym architektem przypadku powszechnie znanego jako „skandal z Anagni” był dysponent plomb króla, Wilhelm z Nogaret, który we Włoszech działał przez swego ucznia Plaisiansa. 13 czerwca tego roku, po napisaniu po raz drugi oskarżenia przeciw papieżowi, król zgodził się na upowszechnienie jego treści. Papież zapowiedział przygotowanie ekskomuniki króla, która miała być ogłoszona 8 września 1303. Tymczasem 7 września grupa zbrojnych, dowodzona przez Wilhelma z Nogaret i Sciarra Colonna, wdarła się do Anagni i po kilku godzinach walki uwięziła papieża. Po jakimś czasie, na skutek nacisków zewnętrznych, uwolnili go i papież uciekł do Rzymu pod opiekuńcze skrzydła Orsinich.