W 1989, w związku z przyjęciem przez ZSRR doktryny obronnej, 35 Frontowa Brygada Desantowo-Szturmowa, brygady desantowo-szturmowe armii, samodzielne pułki pancerne armii, jednostki przeprawowo-desantowe, jednostki w których były na uzbrojeniu rakiety średniego zasięgu zostały jednostronnie wycofane z terytorium NRD, gdyż były one odzwierciedleniem doktryny zaczepnej. W 1989 wycofano i rozformowano 25 Dywizję Zmechanizowaną dyslokowaną w Vogelsang i 32 Gwardyjską Połtawską Dywizję Pancerną dyslokowaną w Jüterborg. W pierwszej kolejności został wycofany z tej dywizji 288 Gwardyjski Wiślański Pułk Pancerny.
W styczniu 1991 rozpoczęto proces całkowitego wycofania Zachodniej Grupy Wojsk z terytorium Niemiec.
W tym czasie w skład Grupy wchodziły następujące związki operacyjne:
Północ: 2 Gwardyjska Armia Pancerna – Furstenberg, 20 Gwardyjska Armia – Eberswalde,
Centrum: 3 Armia – Magdeburg,
6 Gwardyjska Berlińska Samodzielna Brygada Zmechanizowana – Berlin Karlshorst (z organicznego składu 20 Armii) Południe: 1 Gwardyjska Armia Pancerna – Drezno,
8 Armia – Nora.
Poszczególne kierunki zabezpieczała z powietrza 16 Armia Lotnicza w składzie: 72 Korpus Lotnictwa Myśliwskiego (KLM) i 71 Korpus Lotnictwa Myśliwskiego.