1 lutego 1945 Natalia Batowska podjęła ponownie pracę na Uniwersytecie Warszawskim. Była kolejno zastępcą sekretarza uczelni i kierownikiem Sekretariatu. Niezależnie od pracy w rektoracie zajęła się odtwarzaniem biblioteki seminarium filologii angielskiej i była od kwietnia 1945 bibliotekarzem oraz asystentem-wolontariuszem tego seminarium. W latach 1946–1949 była asystentem w Zakładzie Anglistyki. Zamierzała związać się z zakładem anglistyki na stałe i w 1950 złożyła wniosek o wszczęcie przewodu doktorskiego na Wydziale Filologicznym, jednak wraz z uruchomieniem etatu naukowo-technicznego w Instytucie Historii Sztuki w marcu tegoż roku powróciła do zainteresowań w zakresie historii sztuki i przeszła do pracy w tym instytucie (zarazem do końca stycznia 1952 pozostając na pół etatu zatrudnioną w rektoracie uczelni). W nowym miejscu zatrudnienia mogła kontynuować prowadzone prywatnie prace edytorskie nad spuścizną męża, konsultować się z innymi pracownikami, korzystać łatwiej z biblioteki instytutowej.