W owym czasie supraska społeczność prawosławna podlegała parafii w Wasilkowie i była obsługiwana przez tamtejszych duchownych, głównie ks. mitrata Aleksego Mularczyka, który od 1929 większość czasu spędzał w Supraślu (mimo początkowego sprzeciwu władz) i opiekował się wspólnotą do 1970. Pod koniec II wojny światowej, wycofujący się z Supraśla Niemcy wysadzili w powietrze główną cerkiew klasztorną (Zwiastowania Bogurodzicy), natomiast w najmniej zniszczonych, prowizorycznie odrestaurowanych budynkach monasterskich urządzono po wojnie szkołę rolniczą. W 1958 prawosławni po kilkunastoletnich staraniach odzyskali definitywnie cerkiew św. Jana Teologa (przeznaczoną przez władze do rozbiórki), a w latach osiemdziesiątych również pozostałe obiekty. W latach 1971–1984 społecznością opiekował się ks. Aleksander MakalOficjalna strona Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego – 60 lat służby w Cerkwi Prawosławnej [dostęp: 10.11.2015.]. W 1984 reaktywowano w Supraślu prawosławny monaster oraz przyklasztorną parafię, która weszła w skład dekanatu białostockiego diecezji białostocko-gdańskiej. Rozpoczęto, zapoczątkowaną przez o.