W momencie gdy ta produkcja jest niewystarczająca, zmniejszeniu ulega ilość wydalanych do dwunastnicy kwasów żółciowych, co w konsekwencji zaburza wchłanianie tłuszczów z przewodu pokarmowego i powoduje pojawienie się biegunki tłuszczowej.
Zespół rozrostu bakteryjnego W zespole rozrostu bakteryjnego dochodzi do nadmiernego rozplemu flory bakteryjnej w jelicie czczym związanego z wadami anatomicznymi lub zaburzeniami motoryki jelit, przebytymi operacjami przewodu pokarmowego, stanami upośledzenia odporności. Zbyt duża liczba bakterii w jelicie czczym wywołuje rozpad cząsteczek soli kwasów żółciowych, a przez to zaburza ich ponowne wchłanianie w jelicie krętym – kwasy żółciowe, by mogły ulec ponownemu wchłonięciu, muszą być w postaci soli. Ten stan skutkuje zaburzeniem wchłaniania tłuszczów w mechanizmie podobnym jak w uszkodzeniu końcowego odcinka jelita krętego.
Celiakia W celiakii dochodzi do uszkodzenia błony śluzowej jelita cienkiego wywołanego nieprawidłową reakcją układu immunologicznego spowodowaną nadwrażliwością na gluten i prowadzącą do niszczenia kosmków jelitowych. Uszkodzenie błony śluzowej jelita cienkiego może między innymi prowadzić do zaburzenia wchłaniania tłuszczów i biegunki tłuszczowej.