11 sierpnia 2008 roku poinformowano o wyposażeniu w Reapery pierwszej jednostki Lotnictwa Gwardii Narodowej USA (Air National Guard), 174 Skrzydła Myśliwskiego (174th Fighter Wing) stacjonującego w Syracuse w stanie Nowy Jork. Kolejną instytucją wykorzystującą aparaty jest Amerykańska Służba Celna i Straż Graniczna (U.S. Customs and Border Protection), której Reapery stacjonują w Sierra Vista w Arizonie oraz Grand Forks w Dakocie Północnej. 24 kwietnia 2006 roku jeden z aparatów uległ rozbiciu na skutek przypadkowego wyłączenia silnika przez operatora z naziemnej stacji kontroliAwaria Predatora B na granicy amerykańsko-meksykańskiej, „Lotnictwo”, nr 6 (2006), s. 6, . Nie zmieniło to ogólnej oceny samolotu przez tę instytucję, podczas swojej służby Reaper przyczynił się do przechwycenia kilku ton marihuany oraz aresztowania kilku tysięcy nielegalnych imigrantów i przemytników. Obecnie U.S. Customs and Border Protection posiada pięć MQ-9 Reaper.