W głowicy optoelektronicznej znajduje się system elektrooptyczny AN/DAS-1 MTS-B (Multi-spectral Targeting System) integrujący kamery pracujące w świetle dziennym (z czterokrotnym powiększeniem cyfrowym) i podczerwieni (z dwukrotnym powiększeniem cyfrowym), dalmierz laserowy i laserowy wskaźnik celów z automatycznym systemem śledzenia plamki lasera. Planowana jest integracja z aparatem radaru ze skanowaniem elektronicznym AESA (Active Electronically Scanned Array), który poprawiłby możliwości maszyny w bezkolizyjnym locie w cywilnej przestrzeni powietrznej a także integracje nowego uzbrojeniaRobert Czulda,Nowe uzbrojenie dla MQ-9 Reaper?, „Lotnictwo”, nr 3 (2014), s. 12, .
Uzbrojenie thumb|Brytyjski MQ-9A z bombami w Afganistanie MQ-9 Reaper może przenosić maksymalnie 1360 kg uzbrojenia podwieszanego na sześciu węzłach podskrzydłowych. Samolot może być uzbrojony w bomby kierowane laserowo GBU-12 Paveway II, bomby GBU-38 JDAM lub bomby z mieszanym układem naprowadzania laser/GPS GBU-49 oraz pociski AGM-114 Hellfire. Możliwe jest również przenoszenie dodatkowych zbiorników paliwa. Planowane jest integracja dodatkowego uzbrojenia z aparatem. Maszyna przystosowana będzie do przenoszenia pocisków AIM-9X oraz AIM-120 AMRAAM i przeciwradiolokacyjny AGM-88 HARM.