Podczas Powstania Kościuszkowskiego 2 października 1794 r. w pobliżu Bramy Gdańskiej rozgrywały się zacięte walki polsko-pruskie. Artyleria wojska polskiego dowodzonego przez generała Henryka Dąbrowskiego śmiertelnie raniła dowódcę wojsk pruskich płk. Johanna Szekelegopatrz Bitwa pod Bydgoszczą.
Po zajęciu miasta przez Prusy budowla niepotrzebna już ze względów militarnych pełniła jeszcze jakiś czas rolę rogatki miejskiej, przy której pobierano podatek wjazdowy. Ostateczna rozbiórka bramy nastąpiła w 1817 r. podobnie jak wielu innych fragmentów murów miejskich w Bydgoszczy.
Charakterystyka Brama Gdańska miała dość rzadko spotykany kształt na terenach Polski, gdyż przejazd umieszczono między dwoma półokrągłymi wieżami. Na starych planach kartograficznych wieże mają półokrągły rzut oraz wymiary 6 × 5 metrów. Szerokość przejazdu wynosiła 5 metrów. Ze źródeł pisanych wynika, że przejazd był brukowany, a brama wyposażona była w dwuskrzydłowe wrota z zamkiem. Nie jest znana wysokość wież, ale drogą analogii do podobnych budowlim.in.