Od przełomu października i listopada 1939 roku do wiosny 1940 roku rozstrzeliwano tam przedstawicieli polskiej elity społecznej i politycznej z Pomorza Gdańskiego, pacjentów niemieckich szpitali psychiatrycznych z Pomorza Zachodniego i Meklemburgii, a także przeciwników nazizmu i Polaków zamieszkałych przed wojną w Niemczech, których koleją przywożono z głębi III Rzeszy. Polscy historycy przypuszczają, że z rąk funkcjonariuszy SS oraz członków paramilitarnego Selbstschutzu mogło zginąć w Piaśnicy nawet do 12–14 tys. osób, wśród nich kobiety i dzieci.
W drugiej połowie 1944 roku, w związku ze zbliżaniem się Armii Czerwonej, Niemcy podjęli próbę zatarcia śladów zbrodni. Do realizacji tego zadania wyznaczono grupę 36 więźniów obozu koncentracyjnego Stutthof. Zostali oni sprowadzeni do Piaśnicy pod koniec sierpnia 1944 roku. Członkowie więźniarskiego komanda pod nadzorem esesmanów otwierali masowe groby, wydobywali zwłoki, po czym palili je na leśnych paleniskach. Po niespełna dwóch miesiącach, gdy praca została zakończona, esesmani zamordowali wszystkich więźniów i spalili ich ciała.