Działalność Onufrego przeciwko rozłamom w Rosyjskim Kościele Prawosławnym zwróciła na niego uwagę patriarchy Tichona, zaś jesienią 1926 stała się przyczyną kolejnego zatrzymania. 5 listopada 1926 został skazany na trzy lata zesłania we wsi Kudymkor na Uralu. Nie mogąc odprawiać nabożeństw skupił się na pisaniu artykułów teologicznych. Po zakończeniu zesłania osiedlił się w Starym Oskole; metropolita Sergiusz mianował go biskupem starooskolskim.
W 1933 został ponownie zatrzymany, jednak z powodu braku dowodów na działalność antyrządową został wypuszczony po kilku miesiącach. Metropolita Sergiusz mianował go wówczas arcybiskupem kurskim i obojańskim. Władze w tym czasie kontrolowały jego działalność, nie pozwalając mu na wyjazdy poza Kursk. 23 lipca 1935 został aresztowany pod zarzutem zbyt częstego głoszenia kazań, nielegalnego udzielania święceń zakonnych oraz wspierania kapłanów prawosławnych wracających z zesłania. Został skazany na 10 lat łagru i przewieziony do Kraju Chabarowskiego.
1 lutego 1938 przeciwko arcybiskupowi wszczęto kolejne śledztwo w sprawie domniemanej działalności kontrrewolucyjnej, które zakończyło się wyrokiem śmierci.