W 2 miesiącu rozwoju dochodzi do pokrycia międzymózgowia przez kresomózgowie. W kolejnym wytwarza się spoidło przednie a następnie spoidło wielkie. W tym czasie zaczyna także kształtować się móżdżek a z kanału nerwowego głowowej części cewy nerwowej – układ komorowy składający się z dwóch komór bocznych w kresomózgowiu bocznym, łączących się przez otwór międzykomorowy z komorą trzecią znajdującą się w międzymózgowiu oraz wodociągu mózgu łączącego komorę trzecią z komorą czwartą w tyłomózgowiu.

Pod koniec 3 miesiąca większość tętnic mózgu jest już wykształcona.

W 4 miesiącu życia płodowego rozpoczyna się gyryfikacja, która nie kończy się w okresie życia płodowego. W tym samym czasie dochodzi do różnicowania się kory mózgu na korę nową (neocortex) złożoną z 6 warstw, korę dawną (paleocortex) oraz korę starą (archicortex) składające się z 3 warstw. thumb|360px|Schemat rozwoju anatomicznego mózgowia W ontogenetycznie w pełni wykształconym mózgu można wyróżnić następujące części: kresomózgowie kresomózgowie boczne kresomózgowie środkowe międzymózgowie wzgórze podwzgórze niskowzgórze śródmózgowie konary mózgu pokrywa śródmózgowia tyłomózgowie wtórne most móżdżek rdzeniomózgowie rdzeń przedłużony blaszka pokrywowa komory czwartej