10 maja 1989 r. przekazano do Dębna kopię figurki Matki Boskiej Fatimskiej ukoronowanej przez Ojca Świętego na Jasnych Błoniach, na prośbę proboszcza złożoną do ówczesnego kustosza Sanktuarium na os. Słonecznym w Szczecinie, ks. Jana Cichego.
Kluczowym momentem trwania budowy było poświęcenie 7 października 1984 r. przez bp. K. Majdańskiego kamienia węgielnego, pochodzącego z Groty Zwiastowania w Nazarecie (przywieziony przez ks. Alojzego Słomińskiego w lipcu 1979 r. z pielgrzymki do Ziemi Świętej).
Jak wynika z pamiątkowego aktu, pierwotna nazwa (wezwanie kościoła) brzmiało Matki Bożej Różańcowej, w późniejszym czasie zmieniono je na Matki Bożej Fatimskiej. 4 marca 1990 r. ks. biskup Marian Błażej Kruszyłowicz poświęcił pierwszy dzwon „Pani Fatimskiej”, kolejne dwa przywieziono w marcu 1991 r. z Przemyśla z pracowni Jana Felczyńskiego (dzwon „Misjonarze Europy i Krajów Słowiańskich” ufundował Lech Łukasiuk z rodziną, zaś o nazwie „Jan Paweł II” firma rzemieślnicza Uniwersal).
Konsekracji świątyni 11 czerwca 1994 r. dokonali abp M. Przykucki i bp J. Gałecki. Podczas tej uroczystości ogłoszono dekret powołujący do życia nową parafię pw. Matki Bożej Fatimskiej – jako kontynuatorkę poprzedniej, ponad 60-letniej parafii św. Antoniego.