Święto kościoła było celebrowane w pierwszą niedzielę po 19 sierpnia.
W wizytacji z 1699 r. stwierdzono, że w kościele panuje schludność i porządek. Placówka była bogato uposażona czynszami: od 2000 złotych na dobrach Trzebień i Nieciszewo, od sumy 800 zł na dobrach Wojnowo i od sumy 1000 zł na kamienicach miejskich. Posiadała poza tym ogrody i łąki. Prepozyt ks. Jan Zubkiewicz, dziekan bydgoski odprawiał msze św. cztery razy w tygodniu dla chorych i wiernych z miasta, którzy przybywali do świątyni na dźwięk dzwonu na wieży kościelnej.
W XVIII wieku szpital z kaplicą św. Krzyża podupadł. Już w 1712 r. wzmiankowano, ze wymaga remontu, a w 1745 r. był zrujnowany. Prepozytami szpitala byli: w 1733 r. ks. Jan Bukowski, w 1744 r. ks. Wawrzyniec Dutkowski. W wizytacji z 1763 r. odnotowano, że w kaplicy znajdowała się księga Bractwa św. Walentego oraz pozłacany obraz Matki Boskiej Częstochowskiej. Od 1737 r. kościół posiadał indulgencję papieża Klemensa XII.
Szpital z kaplicą służył swoim celom do końca okresu staropolskiego. Rozebrano go w latach 1834–1840 w czasie przebudowy tej części miasta przez władze pruskie.
Następca W latach 1982–1990 na terenie Bydgoszczy wzniesiono nowy kościół pw.