Egzekucje Kraków został zajęty przez Wehrmacht 6 września 1939, a już 10 września 1939 w tym miejscu Niemcy dokonali pierwszej zbiorowej egzekucji Polaków. Pod murem Podgórskiego nowego cmentarza żydowskiego rozstrzelanych zostało wtedy 13 krakowian. Zabito 11 znanych z nazwiska mężczyzn oraz 2 nieznanych. Dla upamiętnienia powstał w tym miejscu Pomnik Martyrologii. Kolejne egzekucje – transport Żydów z getta w Bochni – odbyły się pod koniec sierpnia lub na początku września 1943. Oprócz więźniów płaszowskiego obozu oraz więźniów budynku przy Montelupich, zabijano tu także Żydów używających fałszywych dokumentów, poświadczających aryjskie pochodzenie. Egzekucje przeprowadzano niemalże codziennie do połowy lutego 1944. Ofiary rozstrzeliwano grupami, były one uprzednio zmuszane do rozebrania się. Ciała układano warstwami, naprzemiennie (głowa–nogi), po czym zasypywano warstwą ziemi i kamieni. Gdy rów został całkowicie wypełniony, na dotychczasowym miejscu egzekucji wzniesiono baraki obozu przejściowego (), a od 15 lutego 1944 egzekucje przeprowadzano na drugim szańcu. Nowe miejsce straceń położone było 300 metrów na zachód. Był to szaniec FS-22 nazywany „Cipowym Dołkiem” lub „C-dołkiem”. Dzisiaj w tym miejscu stoją pomniki.