W 1940 został komendantem Obwodu Batalionów Chłopskich Nowy Sącz. Od 1941 do 1945 komendant Okręgu VI Batalionów Chłopskich na Małopolskę i Śląsk. Od 1943 sprawował funkcję komendanta LSB w Okręgu. W ramach scalenia z AK został zastępcą komendanta Okręgu Krakowskiego Armii Krajowej. Komendant Straży Chłopskiej „Chłostra”. Od 1943 wchodził w skład Okręgowego Kierownictwa Ruchu Ludowego. Współpracował z Tadeuszem Sewerynem, który był kierownikiem miejscowego Kierownictwa Walki Podziemnej. Był wykonawcą wyroków sądów podziemnych. Był inicjatorem akcji dywersyjnych i sabotażowych. Przygotowywał i wspierał przygotowywanie szkoleń wojskowych, ideowo-politycznych i sanitarnych. W lutym 1944 zginął zamordowany przez Gestapo jego brat Alojzy Wiatr, sierpniu 1944 podczas pacyfikacji wsi Wilczyska 8 dalszych członków jego rodziny, w październiku zginął kuzyn Kazimierz Wątróbski. Po tych wydarzeniach Narcyz oświadczył: Trudno, koledzy, gdzie walka, tam ofiary być muszą, lecz utwierdzić się musimy po tych wypadkach w przekonaniu, że po pokonaniu okupanta będziemy musieli podjąć bezwzględną walkę z rodzimą reakcją a zwłaszcza z ludzką podłością i ciemnotą.