(L4) Rosenborg BK (FP) Dinaburg FC (L4) JK Narva Trans (L3) Llanelli AFC (L2) Randers FC (FP) NK Široki Brijeg (L6) Nõmme Kalju (L4) The New Saints F.C. (L3) Motherwell (FP) Vėtra Wilno (L3) İnter Baku (L2)
Uwaga: obrońca tytułu (), Szachtar Donieck, uzyskał – dzięki pozycji zajętej w lidze ukraińskiej – prawo gry w III rundzie kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów UEFA, w której przegrał. Po tej porażce otrzymał możliwość startu w rundzie play-off Ligi Europy.
Faza kwalifikacyjna I runda kwalifikacyjna
Do startu w I rundzie kwalifikacyjnej uprawnionych było 46 drużyn, z czego 23 były rozstawione (o współczynniku równym lub powyżej 1,200). Losowanie odbyło się 22 czerwca 2009 (godz. 13:00). Pierwsze mecze rozegrano 2 lipca, rewanże – 9 lipca 2009. Spośród zespołów rozstawionych wyeliminowane zostały: Keflavík oraz Sligo Rovers.
II runda kwalifikacyjna